從結構上講，鏈條機更先進。鏈條機在相同排量下能通過提高轉速，加大功率。體積小自重輕，機械負荷小，點火精確，能夠結合很多先進技術一起使用。所以高性能大排跑車基本都是鏈條機，但同時對制造技術要求也更高。頂桿機本身不適合高轉速，所以揚長避短，多數把汽缸做成缸徑小行程大，這樣扭距增大了，而且避開高轉速缺陷，中低轉速（常用區域）時扭距大，加速有力，爬坡性能強，實用性好。鏈條機也可以作成這樣，最簡單的方法改變一下缸徑和行程就OK了，但是高轉速性能頂桿機就比不上鏈條機了。鏈條機一般側重高轉速功率輸出（不改變汽缸容量的情況下加大缸徑，縮短行程有利于提高轉速，物理常識：單位時間作工次數多，當然輸出功率大咯），靠提高轉速增加力量，鏈條機高轉速下的爆發力是厲害的，所以賽車要在8000～10000左右轉才開始發揮威力。說白了就是各自的特點不同，側重點不一樣。至于震動問題是多種因素造成的，對于小排量民用車，鏈條and頂桿不是決定因素。
說到耐用問題，也是相對的。比如國外一些1500CC以上的V型雙缸超大型巡航車，扭距大得驚人，2000多轉時速就超過140碼，常用轉速不超過4000，有的甚至只有3個前進檔，任何擋都可以輕松起步，換擋只為改變巡航速度，所以根本用不上高轉速，這樣的發動機多半用頂桿，轉速又這么低的，可靠和耐用程度還用說嗎？反過來，鏈條機在常用轉速高幾倍的情況下，想做到同樣耐用，可能嗎？？？？？答案是肯定的，然而對材料，技術，精度的要求就高太多了，當然成本也就高很多了。
所以說鏈條機更好是機械原理所決定的事實，不是想當然的結論，也不是絕對的。
機械原理和制造技術是相生相伴的，不可分割的。
鏈條機先進，但對技術要求高，加工精度要求高，很難把質量做好（主要對國內廠商來說），所以通常鏈條機毛病多，那是因為某些廠的制造技術不過關。
而頂桿機結構簡單（從機械上來說：越簡單則越可靠），容易維護保養，所以通常國產頂桿機比鏈條機毛病少。
換句話說，原理上鏈條機絕對比頂桿機好，但實際取決于制造技術，造得好的頂桿機肯定比粗制濫造的鏈條機強。如果質量都好，只能說“小排量車”頂桿機由于原理上的局限更側重中低轉速的扭距輸出，實用性好。
另外給買車的朋友一個建議，由于我國摩托車制造水平確實不咋地，造得好的鏈條機就那么幾種，加上鏈條機結構復雜些，加工難一些，成本高一些.......所以價格貴一些。不在乎貴點，玩車，就買好鏈條機。如果你想買即便宜，質量又比較可靠的車車，還是首選頂桿機。
